माई स्पाई: द इटरनल सिटी एक पिता और बेटी की कहानी है। पहले भाग की घटनाओं के तीन साल बाद, जेजे (डेव बॉतिस्ता) को अब डेस्क जॉब पसंद है और अपनी सौतेली बेटी सोफी (क्लो कोलमैन) की देखभाल करना पसंद है। हालाँकि, सोफी, जो अब 14 साल की है, कुछ जगह चाहती है और महसूस करती है कि वह अपने पिता के साथ समय बिताना चाहती है।…जेजे की अनुशासनात्मक जीवनशैली से घुटन महसूस करते हुए, सोफी अपने स्कूल की गायन टोली का हिस्सा है और समूह को इटली की यात्रा के लिए चुना जाता है जहाँ उन्हें वेटिकन सिटी सहित कई स्थानों पर प्रदर्शन करने का मौका मिलता है। जेजे छात्रों के साथ एक संरक्षक के रूप में जाता है। सोफी इस यात्रा पर गए एक छात्र रयान (बिली बैरेट) से प्यार करती है। उसका दूसरा दोस्त, कॉलिन (ताहो के), सोफी से प्यार करता है लेकिन उसे इसका एहसास नहीं है। फ्लोरेंस में अपने ठहराव के दौरान, तीनों आइसक्रीम के लिए बाहर जाते हैं। हालांकि जेजे उनका पीछा कर रहा है, कॉलिन का अपहरण कर लिया जाता है। चीजें जटिल हो जाती हैं क्योंकि कॉलिन सीआईए के डेविड किम (केन जियोंग) का बेटा है, जो जेजे का बॉस भी है। किम को अपने बेटे की जान के बदले में संवेदनशील जानकारी देने के लिए कहा जाता है जो दुनिया को नष्ट कर सकती है। इसके बाद क्या होता है, यह बाकी की फिल्म में बताया गया है।
