कल्कि 2898 ई. भविष्य में एक असाधारण व्यक्ति की कहानी है। वर्ष 2898 ई. है। भैरव (प्रभास) एक इनाम शिकारी है जो पृथ्वी पर अंतिम शहर – काशी में रहता है। अन्य सभी शहर गायब हो गए हैं और काशी के निवासी हाथ-मुँह जोड़कर जीवन यापन कर रहे हैं। कुलीन वर्ग…इस बीच, राष्ट्रपति ‘कॉम्प्लेक्स’ नामक स्थान पर रहते हैं। भैरव का सपना कॉम्प्लेक्स में जगह पाने के लिए पर्याप्त धन कमाना है। कॉम्प्लेक्स का संचालन मानस (सास्वत चटर्जी) नामक एक कमांडर द्वारा किया जाता है और वह सुप्रीम यास्किन (कमल हासन) को रिपोर्ट करता है। यास्किन ने ‘प्रोजेक्ट के’ शुरू किया है और एक प्रयोग के लिए गर्भवती माताओं को कैद किया है। ऐसी ही एक माँ सुमति (दीपिका पादुकोण) है। कॉम्प्लेक्स के निवासियों और सशस्त्र बलों से अनभिज्ञ, उसकी एक सहयोगी लिली (काव्या रामचंद्रन) है, जो एक विद्रोही है। ये विद्रोही कॉम्प्लेक्स के खिलाफ हैं और शम्बाला नामक एक गुप्त स्थान पर रहते हैं। परिस्थितियाँ लिली को सुमति को मारे जाने से पहले कॉम्प्लेक्स से बाहर निकालने के लिए मजबूर करती हैं। सुमति पर इनाम रखा जाता है और भैरव उसके पीछे जाता है। अचानक, अश्वत्थामा (अमिताभ बच्चन) जाग जाता है और वह किसी भी कीमत पर सुमति की जान बचाने का फैसला करता है। आगे क्या होता है यह फिल्म के बाकी हिस्सों में बताया गया है।
